Học viện Karolinska được thành lập trong thời gian 1810-1811 như một trung tâm huấn luyện cho các bác sĩ phẫu thuật quân đội. Tên nguyên thủy là "Medico-Chirurgiska Institutet" (Viện phẫu thuật Y học). Năm 1817 tiền tố 'Karolinska' được thêm vào để nói tới 'Karoliner' là tên các binh sĩ dưới triều vua Karl XII, và tên đầy đủ là "Kongl. Carolinska Medico Chirurgiska Institutet" (Học viện Phẫu thuật Y học Hoàng gia Karolinska). Năm 1968 đổi tên thành "Karolinska Institutet" (Học viện Karolinska) như hiện nay.